科学家本(ZachGalifianakis饰)隶属于美国政府某个秘密部门,它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考,并将它们培养成特工人员。然而,本的部门却面临被FBI关闭的局面,为了证明他和豚鼠特工的能力,本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文(山姆·洛克威尔SamRockwell配音)下令,要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博(BillNighy饰)的办公室,寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢,带着布拉斯特(崔西·摩根TracyMorgan配音)、华蕾斯(佩内洛普·克鲁兹PenélopeCruz配音)、苍蝇莫奇和斯贝克斯(尼古拉斯·凯奇NicolasCage配音)等成员迅速展开行动。这群豚鼠特工队员体型虽小,却身怀绝技,它们成功闯入罗纳德的办公室,并下载到重要资料。然而,这场冒险才刚刚开始…